(1) Do doby setrvání zaměstnance v zaměstnání na základě kvalifikační dohody se nezapočítává doba rodičovské dovolené v rozsahu rodičovské dovolené matky dítěte (§ 196) a nepřítomnost zaměstnance v práci pro výkon nepodmíněného trestu odnětí svobody a vazby, došlo-li k pravomocnému odsouzení.
(2) Nesplní-li zaměstnanec svůj závazek z kvalifikační dohody pouze zčásti, povinnost nahradit náklady zvýšení nebo prohloubení kvalifikace se poměrně sníží.
(3) Povinnost zaměstnance k úhradě nákladů z kvalifikační dohody nevzniká, jestliže
a) zaměstnavatel v průběhu zvyšování kvalifikace zastavil poskytování plnění sjednaného v kvalifikační dohodě, protože zaměstnanec se bez svého zavinění stal dlouhodobě nezpůsobilým pro výkon práce, pro kterou si zvyšoval kvalifikaci,
b) pracovní poměr skončil výpovědí danou zaměstnavatelem, pokud nejde o výpověď z důvodů porušení povinnosti zaměstnance vyplývající z právních předpisů vztahujících se k vykonávané práci při plnění pracovních úkolů nebo v přímé souvislosti s ním, nebo jestliže pracovní poměr skončil dohodou z důvodů uvedených v § 52 písm. a) až e),
c) zaměstnanec nemůže vykonávat podle lékařského posudku vydaného poskytovatelem pracovnělékařských služeb nebo rozhodnutí příslušného správního orgánu , který lékařský posudek přezkoumává, práci, pro kterou si zvyšoval kvalifikaci, popřípadě pozbyl dlouhodobě způsobilosti konat dále dosavadní práci z důvodů pracovního úrazu, onemocnění nemocí z povolání, nebo pro ohrožení touto nemocí anebo dosáhl-li na pracovišti určeném pravomocným rozhodnutím příslušného orgánu ochrany veřejného zdraví nejvyšší přípustné expozice, (Tato novelizace nabývá účinnosti 1. dubna 2012.)
d) zaměstnavatel nevyužíval v posledních 12 měsících po dobu nejméně 6 měsíců kvalifikaci zaměstnance, které zaměstnanec na základě kvalifikační dohody dosáhl.
