Implementace Operačního programu probíhá v několika rovinách. Za správné a efektivní
řízení Operačního programu Podnikání a inovace je odpovědný Řídicí orgán pod dohledem
Monitorovacího výboru. Monitorovací výbor vykonává dohled nad realizací programu
a monitoruje využívání všech prostředků v rámci programu. Řídicí orgán může delegovat část
svých činností či pravomocí na Zprostředkující subjekty.
Platební a certifikační orgán (PCO) provádí převážně tyto činnosti: certifikuje vynaložené
výdaje a vypracovává certifikát o vynaložených výdajích, který zasílá spolu s žádostí o platbu
Evropské komisi, pro účely certifikace ověřuje řádné fungování řídícího a kontrolního
systému na všech úrovních implementace a převádí prostředky SF na příjmové účty kapitoly
státního rozpočtu na základě souhrnných žádostí předložených ŘO. Funkci PCO vykonává
Národní fond Ministerstva financí.
Auditním orgánem, který má odpovědnost za ověřování účinného fungování řídicího a
kontrolního systému, je Centrální harmonizační jednotka Ministerstva financí.
